肥後国八代郡八代（熊本県八代市）に生まれる。
弘治元年（1555年）16歳　初陣で武功を挙げ、丸目の姓を与えられる。

永禄元年（1558年）19歳　上洛。
新陰流の流祖である上泉伊勢守信綱（上泉伊勢守秀綱、武蔵守信綱とも）に師事する。
上泉伊勢守が将軍足利義輝の前で剣技を披露した折には、蔵人が打太刀を務めている。
（通常、打太刀役は仕太刀役より上手の者が務めるのが一般的である。）

永禄十年（1567年）　信綱から「殺人刀太刀（せつにんとうたち）」「活人剣太刀（かつじんけんたち）」の印可状（免許皆伝）を授かる。

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信綱の死後　師の逝去に落胆した蔵人はますます鍛錬に励み、ついに「新陰タイ捨流剣術」を創始。これは、新陰流にインドの摩利支天の法や、日本の超古代（イザナギ・イザナミ）に始まる武の道を融合させたものであった。のちに中国武術の長所を取り入れた総合武術としての完成を見たことで、流派の名称を「兵法タイ捨流剣術」と改める。

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晩年　徹斎と号し、切原野（熊本県球磨郡錦町）で晴耕雨読の穏やかな隠居生活を送った。

書、和歌、仕舞、笛などにも優れた才を示した教養人であったという。また剣術以外にも槍術・棒術・杖術・薙刀など数々の武具を使いこなす、あらゆる分野を極めた実に多彩な人であった。

寛永6年（1629年）　死去。法名は雲山春龍居士。
墓は熊本県球磨郡錦町切原野堂山に現存している。

​丸目家現当主は、十三代 丸目 裕之氏。当流の顧問も務められている。